MKR har siden 2015 økonomisk balanceret mellem to udviklinger: 1) En årlig nedskæring af grundbevilling på 2% pga. et generelt omprioriteringsprincip i Kirkeministeriet. 2) Nye, midlertidige bevillinger til arbejde med migranter, kirkedagssekretariat, Det lutherske Verdensforbund, trosfriheds-arbejde, Ukraine-indsats m.v. Disse midlertidige bevillinger har været meget velegnede til at afprøve, om et konkret arbejde havde noget for sig folkekirkeligt. Men på sigt giver et sådant kludetæppe-budget mangel på stabilitet og kontinuitet. Derfor søgte MKR med virkning fra 2024 Fællesfonden om en genopretningsbevilling, der opjusterer MKRs grundbevilling gennem inkludering af udgifter til migrantarbejdet og landssekretariat for kirkedagene samt opprioriterer arbejdet i forhold til det folkekirkelige bagland. Ansøgningen er blevet besvaret positivt, hvilket giver MKR de bedste muligheder for at tilrettelægge de kommende års arbejde inden for de nye rammer. Foruden den faste bevilling videreføres det nuværende ekstra bidrag til finansiering af kontingentbidrag til Det lutherske Verdensforbund i den periode, hvor folkekirken har præsidentskabet.
Klimaaftryk og rejsepolitik
Folkekirken tager del i regeringens mål for grøn omstilling, og det samme gør Folkekirkens mellemkirkelige Råd. Traditionelt har det økumeniske arbejde været præget af rimelig stor rejseaktivitet. Man rejser på tværs af lande og kontinenter for at holde møder og fejre fællesskab mellem kirker. Men ikke mindst online-erfaringer fra coronakrisen lærte os, at ting kan gøres anderledes om nødvendigt. For løbende at fastholde og styrke bevidsthed om, og over tid mindske, MKRs klimaaftryk vedtog Rådet i 2023 en første version af en rejsepolitik. Fremover skal der gøres regnskab med rejseaktiviteterne CO2-belastning, og der opfordres til at finde klimavenlige transportformer og holde onlinemøder hvor det er muligt. Samtidig må det fastholdes, at der er økumenisk virksomhed, der kun giver mening ved at mødes. Rejsepolitikken må således ikke forhindre MKR i at opfylde sit formål.
I 2023 var der mange generalforsamlinger og store kirkelige begivenheder. Ifølge MKRs klimaregnskab betød det, at for mellemkirkelige møder i ind- og udland for stab, råd og repræsentanter, fordelt på 300 rejsedage, var der et forbrug på ca. 13 tons CO2.